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在当前的高等教育环境中，研究生毕业论文的查重已成为一项重要的任务。查重系统通过比对论文与已有文献的相似度来判断其中是否存在抄袭或剽窃行为，从而保证学术诚信和学术规范的维护。然而，关于论文查重系统是否会检测论文中的附录部分，目前存在一定的争议和疑问。

首先，附录通常包含论文中的一些重要数据、统计表格、详细实验方法等补充信息。这些信息对于读者理解和验证研究成果的可靠性具有重要意义。因此，从论文质量的角度来看，附录部分在查重过程中的检测应当是有必要的。

然而，目前主流的查重系统在检测研究生毕业论文时，对附录部分的处理方式存在一定的差异。有些查重系统仅检测正文部分，而对附录部分并不重视。这可能是由于附录具有比正文更强的独特性，不容易与已有文献相似，或者是查重系统技术的限制导致无法准确检测附录部分。

然而，值得注意的是，附录部分也可能存在抄袭和剽窃的风险。一些学生可能会将他人的附录内容直接复制到自己的论文中，从而规避查重系统对正文部分的检测。因此，为了确保学术诚信和学术质量的维护，查重系统在检测研究生毕业论文时还是应当对附录部分进行合理的检测。

综上所述，关于"本科论文查重时会检测附录吗？"这一问题，目前存在一定的争议和疑问。虽然一些查重系统可能对附录部分的检测并不重视，但考虑到附录对于论文质量的重要性和可能存在的抄袭风险，查重系统在检测研究生毕业论文时仍然应当兼顾对附录部分的检测。这有助于维护学术诚信和学术规范，提高研究生毕业论文的质量。